特區政府負責特區的管治，對香港政治、經濟、社會各方面的安全負有不可推卸的責任，特區的行政、立法、司法機關亦有責任確保《香港國安法》得以順利執行。

香港特別行政區主要分為行政機關、立法機關和司法機關，其下各有不同的部門，處理不同的社會事務。

香港特別行政區主要是由行政主導，行政與立法互相制衡和配合，行政機關和立法機關都會參與法例的制定，兩者的工作互相配合。

倘若政府有意提出新增法律或修改現行法律，相關的政策局通常會首先諮詢因實施有關建議而可能受到影響的各方及立法會的有關事務委員會，然後要求律政司把有關建議草擬成為法案，之後再把該法案提交行政會議審議。在行政會議批准後，政府將表明有意提交法案的預告送交立法會秘書。該法案隨後會在《憲報》刊登及提交立法會審議。法案須得到立法會三讀通過，交回行政長官簽署，並刊登於《憲報》內，才可以正式成為法例。

另外，立法會議員也有權提交法案。議員法案須附有由律政司法律草擬專員簽發的證明書，才可送交立法會秘書。

行政機關以行政長官為首，下設三司十五局，由政務司司長、財政司司長、律政司司長統領。政府的主要施政和行政工作，由政府總部內十五個決策局執行。

香港奉行司法獨立。司法機關主要由各級法院和審裁處組成，負責審理不同的案件，聆訊一切檢控案件和民事訴訟，其中包括個人與政府之間的民事訴訟。司法機關也負責解釋法律，維護法治精神。司法機關享有獨立的司法權和終審權，不受行政或立法機關干涉。

香港特區維護國家安全的機構主要有維護國家安全委員會（香港國安委）、警務處國家安全處和律政司。另外，中央政府亦在特區設立中央駐港維護國家安全公署（駐港國安公署）。

打個比方來說，駐港國安公署就好比欽差大臣，代中央政府監察香港的國安工作；香港國安委就像開封府的顧問團，負責為國安政策出謀劃策；而警務處國家安全處就像開封府的巡捕，負責辦理國安案件。

1. 維護國家安全委員會（香港國安委）

這是根據《香港國安法》設立的維護國家安全機構，於2020年7月3日成立，負責香港維護國家安全事務，承擔主要責任，接受國務院監督和問責。

維護國家安全委員會的職責為以下三項：

1. 分析研判香港特別行政區維護國家安全形勢，規劃有關工作，制定香港特別行政區維護國家安全政策；
2. 推進香港特別行政區維護國家安全的法律制度和執行機制建設；
3. 協調香港特別行政區維護國家安全的重點工作和重大行動。

香港國安委的工作不受特區任何其他機構、組織和個人的干涉，工作信息不予公開；香港國安委作出的決定不受司法覆核。另外，中央駐港維護國家安全公署與香港國安委建立的協調機制負監督、指導香港特別行政區維護國家安全工作之責。

香港國安委開支由政府直接撥出，不受香港現行法律規定限制，財政司司長每年就款項和管理向立法會提交報告。

香港國安委由行政長官擔任主席，其他成員包括政務司司長、財政司司長、律政司司長、保安局局長、警務處處長、警務處維護國家安全部門（國家安全處）負責人、入境事務處處長、海關關長和行政長官辦公室主任等。

維護國家安全委員會秘書處為國安委內部附屬的常設執行及輔助部門，由中央人民政府任命的秘書長領導。國安委設立「國家安全事務顧問」一職，由中央人民政府指派，就相關事務提供諮詢意見。

2. 警務處國家安全處

警務處根據《香港國安法》設立國家安全處，於2020年7月1日正式成立，由一位警務處副處長擔任主管，是行動及管理以外的第三位副處長。

國家安全處主要負責以下職務：

1. 收集分析涉及國家安全的情報信息；
2. 部署、協調、推進維護國家安全的措施和行動；
3. 調查危害國家安全犯罪案件；
4. 進行反干預調查和開展國家安全審查；
5. 承辦香港特別行政區維護國家安全委員會交辦的維護國家安全工作；
6. 執行《香港國安法》所需的職責。

根據《香港國安法》第四十三條，警務處維護國家安全部門擁有下列權力：

1. 搜查可能存有犯罪證據的處所、車輛、船隻、航空器以及其他有關地方和電子設備；
2. 要求涉嫌實施危害國家安全犯罪行為的人員交出旅行證件或者限制其離境；
3. 對用於或者意圖用於犯罪的財產、因犯罪所得的收益等與犯罪相關的財產，予以凍結，申請限制令、押記令、沒收令以及充公；
4. 要求信息發布人或者有關服務商移除信息或者提供協助；
5. 要求外國及境外政治性組織、外國及境外當局或者政治性組織的代理人提供資料；
6. 經行政長官批准，對有合理理由懷疑涉及實施危害國家安全犯罪的人員進行截取通訊和秘密監察；
7. 對有合理理由懷疑擁有與偵查有關的資料或者管有有關物料的人員，要求其回答問題和提交資料或者物料。

3. 律政司

律政司設有維護國家安全檢控科，負責國家安全犯罪案件的檢控工作。任何人未經律政司司長書面同意，不得就國家安全犯罪案件提出檢控。律政司司長可基於保護國家秘密、案件具有涉外因素或者保障陪審員及其家人的人身安全為理由，發出證書指示相關訴訟毋須在有陪審團的情況下進行審理；若原訴訟法庭在沒有陪審團的情況下進行審理，則應由三名法官組成審判庭。

4. 中央駐港維護國家安全公署（駐港國安公署）

中央人民政府在香港特區設立維護國家安全公署，於2020年7月8日成立，是中央人民政府繼香港中聯辦、外交部駐港特派員公署、解放軍駐港部隊後第四個中央駐港機構。

公署的職責為：

1. 分析研判特區維護國家安全形勢，就維護國家安全重大戰略和重要政策提出意見和建議；
2. 監督、指導、協調、支持香港特區履行維護國家安全職責；
3. 收集分析國家安全情報信息；
4. 按《香港國安法》在特定情形下依法辦理國家安全犯罪案件。

公署人員須遵守全國性法律和香港特別行政區法律，並接受國家監督機構監督。公署與香港特區維護國家安全委員會建立協調機制，在工作層面與特區有關機關建立協作機制，加強信息共享和行動配合。

公署的經費由中央財政保障。

《香港國安法》第五十五條規定，公署在出現以下情形時，經該署或香港特別行政區政府提出，報中央人民政府批准後，將對案件行使管轄權：

1. 案件涉及外國或者境外勢力介入的複雜情況，香港特別行政區管轄確有困難的；
2. 出現香港特別行政區政府無法有效執行本法的嚴重情況的；
3. 出現國家安全面臨重大現實威脅的情況的。

公署及成員執行職務的行為不受特區政府管轄，執行職務的人員及車輛不受特區政府執法機關的搜查、扣押。

此外，《香港國安法》第十六條和第十八條規定，在任命警務處維護國家安全部門負責人和律政司國家安全犯罪案件檢控部門負責人前，行政長官必須書面徵求駐港國安公署的意見。